בנוסף למנהג ההפרדה, המפעילות מסבסדות את כרטיסי הנסיעה בקווי המהדרין, כך שהם זולים משמעותית מנסיעה בקווים "רגילים" מקבילים.

במשרד התחבורה בוחנים את האחדה של כל תעריפי הנסיעה באוטובוסים ברחבי הארץ. האם יש לבטל את ההנחות המפלות שמהן נהנים רק נוסעי קווי המהדרין.
מטרת הבדיקה  היא ליצור מתאם בין התעריף למרחק הנסיעה.
במשרד לא מתחייבים על מועד הגשת ההמלצות ומוסרים כי איסוף המידע וניתוחו עשויים לקחת כמה חודשים.

השימוש בתחבורה ציבורית בקרב הציבור החרדי, מקובל הרבה יותר מאשר בציבור החילוני. זאת גם בגלל רמות ההכנסה הנמוכות יחסית.
לשם המחשה - שיעור משתמשי האוטובוסים בקרב החרדים עומד על כ־70% בעוד שבאוכלוסייה הכללית הוא עומד על כ־20% בלבד.
ככל שהזוגות הנישאים עוברים להתגורר מבני ברק וירושלים לערי פרבר בהם הם יכולים לרכוש דירות מוזלות, כך עולה השימוש שלהם בקווי התחבורה הציבורית. זאת מאחר והם מעוניינים לשמור על קשר הדוק עם מוסדות החינוך והתרבות בערים הגדולות וכמובן עם משפחותיהם.

ב־2002 החלה המדינה להפריט את קווי התחבורה הציבורית.
התחרות הגבוהה בין מפעילות האוטובוסים הביאה למצב של ההנחות המיוחדות למגזר החרדי:
מפעילות התחבורה הציבורית נאלצות להילחם על קהל היעד החרדי לא רק ביניהן, אלא גם מול מפעילים פיראטיים.
על רקע התחרות הזו מרחפת הוראת בג"ץ מתחילת השנה, לפיה אסור לכפות הפרדה באוטובוסים, אלא רק לאפשר אותה אם היא מתקיימת וולונטרית על ידי הנוסעים.
בחודשים האחרונים נפגשו אנשי העדה החרדית עם בכירים במשרד התחבורה, וביקשו לקבל לידיהם את הפעלת קווי התחבורה המהדרין, כך שאף אחד לא יבוא אליהם בטענות על אפליה. אולם נמסר להם כי שר התחבורה מתנגד לכך נחרצות, כיוון שהדבר מנוגד לחוק (הפעלת קווי אוטובוס פרטית - ל"ג).
לטענת משרד התחבורה, אם מגזר יפעיל תחבורה משלו - לא ירחק היום שמגזרים שלמים יקימו מערכות תחבורה ציבורית משלהם.

 לאחרונה החל לפעול בבית שמש קו חינמי שמוביל נוסעים לירושלים. מדובר בקו שהתשלום אליו הוא וולונטרי, כלומר רק אם הנוסע חפץ בכך. מדובר למעשה בתרומה ולא בתשלום עבור שירות.

חבר הכנסת אורי מקלב (יהדות התורה) הגיש הצעת חוק להפרטת קווי המהדרין.

המדינה מסבסדת במיליארדי שקלים לשנה את השימוש בתחבורה ציבורית

מנתוני מחלקת המחקר של הכנסת עולה שהמדינה מסבסדת במיליארדי שקלים לשנה את השימוש בתחבורה ציבורית, סבסוד שהיקפו רק הולך ועולה עם השנים.
בשנת 2004 למשל, עמד היקף הסבסוד על 1.1 מיליארד שקל, ב־2007 הוא צמח לכ־1.6 מיליארד שקל ובשנה שעברה הסבסוד הגיע לכ־2 מיליארד שקל.
תקציבים אלו אינם כוללים את תקציב התמיכה ברענון צי הרכב, ששוויו רק ב־2010 הגיע לכ־365 מיליון שקל נוספים.
לפי נתוני החשב הכללי, תקציב התמיכה של המדינה בתעריפי הנסיעה של אגד לבדה עמד על 858 מיליון שקל השנה.
מדובר בסבסוד נסיעות באזורים מרוחקים בפריפריה ונסיעות של אוכלוסיות כמו אזרחים ותיקים, סטודנטים, נוער וחיילים.
תעריף הנסיעה הרגיל איננו מסובסד - העלות שלו נקבעת על ידי משרדי האוצר והתחבורה והיא יכולה להיות גבוהה יותר מהנדרש, כלומר ברווח גדול למפעיל, וזאת כדי לכסות על הפסדים של המפעיל בקווים לא רווחיים.

המגזר הציבורי מהווה כ־10% מהנסיעות בתחבורה הציבורית ורשמית הוא מסובסד. אך בפועל מגזר זה נהנה ממחירים מוזלים.
אגד מציעה נסיעה מבני ברק לצפת ב־36 שקל בקו מהדרין וב־45 שקל בנסיעה דומה בקו רגיל.
נסיעה מנתיבות לירושלים תעלה 24 שקל בקו מהדרין לעומת 40 שקל לשאר הציבור.
עבור נסיעה מערד לאשדוד ישלם נוסע בקו רגיל 47 שקל, לעומת נוסע בקו מהדרין אשר שלם חצי מחיר.

מאגד נמסר כי : "החברה לא מפעילה קווי מהדרין ומקפידה לפעול לפי הנחיות בג"ץ, המאפשרות לנוסעים לבחור את מקום ישיבתם באופן וולונטרי.
אגד אינו מתערב בסדרי הישיבה של הנוסעים ולכן אין ביכולתו לבצע מעקב או ניטור של מספר הנוסעים שבוחרים לשבת באופן זה באוטובוסים".