דו"ח מבקר המדינה שמתייחס לחברת נמל אשדוד מספר: "חברת נמל אשדוד ביצעה הרחבת התקשרויות והתקשרויות המשך שלא על פי תקנות חובת המכרזים, ביצעה רכישות והתקשרויות ללא מכרז בנימוק שמדובר בספק יחיד או ברכישה דחופה, נימוק שלא נמצא לו ביסוס ממשי, לא נתנה הזדמנות שווה למציעים אפשריים ופגעה בחיסכון וביעילות."

המבקר, השופט (בדימוס) יוסף שפירא, מתייחס לבדיקות שנערכו בין אפריל 2011 למרץ 2012, שם נבדקו סדרי הרכישות של חברת הנמל ותהליכי קבלת ההחלטות של ועדת המכרזים.
המבקר מצא שההנהלה ביצעה "רכישות והתקשרויות ללא מכרז, בנימוק שמדובר בספק יחיד או ברכישה דחופה, נימוק שלא נמצא לו ביסוס ממשי".
על פי הדוח - נמל אשדוד שדרג את מערכות החשמל במנופים בעלות של כ-10 מיליון שקל, קנה דחפורים חדשים ב-2.3 מיליון שקל, התקשר עם חברה לאיתור חומרי חבלה בעלות של כמיליון שקל, וכל אלו מבלי לקיים כל מכרז. ואלו דוגמאות בלבד.

חברת נמל אשדוד אף המשיכה את הנוהל הפגום גם במקרים של התקשרות המשך עם ספק, ונמנעה מכל ניסיון לחסוך כסף לחברה. כך  במכרזי ההמשך לשיפוץ ותחזוקה בהיקף של כ-4.5 מיליון שקל, כך בהתקשרות למתן שירותי הסעות לעובדים בסכום של כ-3 מיליון שקל וכך בהתקשרות להסעות נוסעים לטרמינל בסכום של כ-1.3 מיליון שקל.

 חברת הנמל "שכחה" לפרסם מכרז להסעדה של הנמל, לאחר שחוזה אספקת המזון שלה הסתיים כבר במאי 2008, אולם מאז היא ממשיכה לשלם  כ-13.8 מיליון שקל לספק הקיים ללא חידוש מכרז וללא בדיקה האם אפשר לשפר את התנאים הקיימים.
המבקר טוען כי הקניין לא בקש הצעות כנדרש  בנוהל משניים-שלושה ספקים, אלא הסתפק בהצעות מחיר שניתנו בעבר.
עוד נמצא כי בחלק מתיקי הרכש בהם לא רכשו מהספק הזול, לא נמצאו כל המסמכים המתעדים את התהליך, ועל כן לא היה אפשר לעמוד על הנימוקים לרכישה שלא מהמציע הזול ביותר".

לפי הדוח, השיטה של חברת הנמל להימנע ממכרזים היא ריבוי התקשרויות קטנות, שאינן מחוייבות לכאורה בעריכת מכרז, משום היקפן הכספי הנמוך. כך למשל, נרכשו כלים חד-פעמיים בסכום מצטבר של כ-100 אלף שקל ב-2009, נייר הדפסה בסכום מצטבר של כ-100 אלף שקל לשנה, מכשירי פקס בסכום מצטבר של כ-115 אלף שקל בשלוש שנים וטלפונים בסכום מצטבר של 65 אלף שקל במשך פחות משנתיים. למרות הסכומים הגדולים, חברת הנמל לא ערכה מכרזים, ואפילו לא ריכזה רשימה של ספקים מאושרים.

לפי דו"ח המבקר "החברה פעלה בשיטה של ריבוי הזמנות בסכומים קטנים", והעיר כי "שיטה זו אינה יעילה כלכלית, שכן החברה אינה מנצלת את יתרון הגודל כדי להוזיל את המחירים ואף נאלצת לחזור ולבקש הצעות מחיר".

 מחברת נמל אשדוד נמסר בתגובה: "חברת נמל אשדוד קיבלה את טיוטת דו"ח מבקר המדינה והגישה את תגובתה למבקר כנדרש. חלק ממה שטעון תיקון כבר תוקן ונושאים נוספים הטעונים תיקון יטופלו בלוח זמנים קצר כחלק מתוכנית סדורה מראש".